2 września 1939 r.
Wojna dopiero się zaczęła. Polskie wojsko stawiało zacięty opór. Anglia i Francja jeszcze nie zdążyły wypowiedzieć Niemcom swojej śmiesznej wojny, a Stalin jeszcze czekał z atakiem na to, co zrobią. Niemcy nie czekali. Już 2 września 1939 r. założyli pierwszy na ziemiach polskich obóz koncentracyjny – w Sztutowie pod Gdańskiem.
Początek piekła
Obóz zlokalizowali pomiędzy wioskami: Stegna i Sztutowo, u nasady Mierzei Wiślanej, na zachód od wsi Sztutowo (Stutthof), przy szosie Gdańsk – Sztutowo. Brukowa szosa łączyła Stutthof z Nowym Dworem Gdańskim, a także z Gdańskiem poprzez przeprawę promową w Świbnie. Do wsi dochodziła również kolej wąskotorowa (obecnie ŻKD), która w Nowym Dworze Gdańskim łączyła się z koleją normalnotorową. Ponadto w Stutthofie znajdowała się przystań umożliwiająca kontakt z Gdańskiem i Elblągiem poprzez Zalew Wiślany i kanały.
Teren otoczony był ze wszystkich stron zbiornikami wodnymi: od zachodu Wisłą, od południa i wschodu: Zalewem Wiślanym wraz z siecią kanałów, od północy: Bałtykiem. Obszar obozu zewsząd otoczony był bagnami i torfowiskami, porośnięty gęstym sosnowym lasem, który skutecznie maskował właściwy charakter obozu.
Już 2 września 1939 r. Niemcy przywieźli do obozu pierwszych więźniów – Polaków z Gdańska. Wtedy jeszcze ani oni sami, ani inni, nie zdawali sobie sprawy, czym będą obozy koncentracyjne. W obozie nie było baraków, tylko namioty typu wojskowego, rozstawione wokół półhektarowej polanki, pośrodku której znajdowała się prowizoryczna kuchnia, umywalnia i latryna. Więźniowie zostali skierowani do prac przy wycinaniu drzew, karczowaniu lasu, niwelowaniu terenu, zakładaniu dwóch rzędów drutu kolczastego. Potrzebne do budowy dachówki i cegły sprowadzano z cegielni położonej około 1 km od obozu. Transportowano je w wagonikach kolejki wąskotorowej. W okresie od 2 września 1939 do maja 1940 na powierzchni około 4 ha postawiono 10 baraków, które później otrzymały nazwę Starego Obozu. Budowano je systemem palowym. Fundamenty często były zastępowane palami metrowej grubości wbijanymi w ziemię. Niektóre baraki ze względu na to, że grunt Starego Obozu był słabo nośny (60 cm poniżej była woda podskórna) stawiano na płytkich palach murowanych. Ściany baraków obijano deskami, ocieplano papą. Linia wysokiego napięcia została założona dopiero w 1942, kiedy przybyła do obozu liczna grupa fachowców elektryków, a nowo budowany obóz ogrodzony miał być płotem pod wysokim napięciem.
W latach 1940–1941 wybudowano siedzibę dla władz SS. Przed bramą obozu postawiono dwa baraki z przeznaczeniem na biura obozowe. Na miejscu Domu Starców wzniesiono gmach komendantury. W gmachu komendantury mieściły się biura obozowe, kasyno, kuchnia dla załogi oraz kwatery dla sztabu SS. W tym samym czasie więźniowie zbudowali murowany budynek wartowni SS, garaże i willę dla komendanta obozu. Tę ostatnią zbudowano obok dawnej leśniczówki, którą rozebrano w 1942, a niedaleko niej stanął budynek psiarni obozowej dla psów SS-mańskich. Ostatnim obiektem wybudowanym w tej części obozu był budynek Politische Abteilung (Wydział polityczny), którego budowę ukończono w 1942.
Stary Obóz został zamknięty wysokim ogrodzeniem z drutu kolczastego. W celu zabezpieczenia się przed ewentualnymi ucieczkami więźniów postawiono wzdłuż ogrodzenia 4 wieżyczki strażnicze z posterunkami SS, wyposażonymi w broń maszynową. Nocą oświetlały one silnymi reflektorami cały teren. Do obozu prowadziła główna brama, zwana „Bramą Śmierci”, nad którą również znajdowała się wieżyczka strażnicza. Część więźniarska Starego Obozu przedzielona była ponadto na dwie części ogrodzeniem z drutu kolczastego i bramą.
Piekło
Baraki dla więźniów Niemcy ulokowali na terenie podmokłym (1 m n.p.m.), chociaż budowane na palach drewnianych, nie zabezpieczały przed zimnem. Temperatura wewnątrz baraku zimą niewiele różniła się od temperatury powietrza. Baraki nie były wyposażone w żaden sprzęt. Więźniowie spali na podłodze pokrytej cienką warstwą słomy, którą pod groźbą kary bicia nie wolno było się przykryć. Nie wolno też było palić w piecyku. Baraki kryły dziurawe dachy. Rano więźniowie budzili się zmarznięci, a ci, którzy leżeli pod ścianą, byli narażeni na śmierć z wyziębienia. Ściany baraku w dzień pokrywały się szronem, ponieważ drzwi i okna były otwarte, a kiedy w nocy zamykano je, szron topniał i ściekał na podłogę.
W obozie znajdowała się tylko jedna latryna, w środku pomiędzy barakami wykopano dół i położono deskę. Do latryny wolno było chodzić ściśle wyznaczoną drogą. Latrynę oczyszczali księża i Żydzi – najgorzej traktowani więźniowie w obozie. Wobec braku wody, mydła, papieru toaletowego i ręczników więźniowie chodzili ciągle brudni i zawszeni. Musieli pracować i spać w tym, w czym ich przywieziono do obozu. Odzieży nie wolno było i nie było jak prać, nie wolno było używać brzytew, żyletek i nożyczek.
Więźniowie byli głodzeni. Jeśli więzień nie otrzymał w odpowiedniej chwili pomocy lub nie umiał sobie zorganizować dodatkowej żywności, po kilku miesiącach, obciążony dodatkowo ciężką pracą, umierał. W początkowej fazie choroby tzw. krypie lub marazmie próbowali się ratować. Poszukiwali żywności wszędzie, gdzie tylko to było możliwe. Nie zważając na śmiertelne zagrożenie ani bicie, wykradali jedzenie psom SS-mańskim, zadowalali się odpadkami ze śmietnika, próbowali jeść najróżniejsze korzenie, grzyby, rośliny, owady, a nawet klej stolarski czy glinę. Zdarzały się przypadki śmiertelnego zatrucia po spożyciu nieznanych roślin.
Kara
Stutthof nie znalazł się w akcie oskarżenia w czasie procesów norymberskich, ale pomiędzy 25 kwietnia a 31 maja 1946 w Gdańsku odbyły się cztery procesy, prowadzone przez władze polskie i radzieckie, w których sądzono 85 członków załogi obozu, łącznie z komendantem i obozowymi kapo. Zapadło kilkanaście wyroków śmierci i kary od kilku miesięcy więzienia do dożywocia.
Na śmierć zostali skazani: SS-Oberscharführer Johann Pauls oraz nadzorczynie Wanda Klaff, Gerda Steinhoff, Elisabeth Becker, Ewa Paradies i Jenny Barkmann. Także więźniowie funkcyjni, posłuszni SS-manom w dziele mordu: Józef Reiter, Wacław Kozłowski, Franciszek Szopiński, Tadeusz Kopczyński i Jan Breit również otrzymali wyroki śmierci.
Wyroki te wykonano publicznie na Biskupiej Górce w Gdańsku 4 lipca 1946 r. na oczach tłumów (wśród których były dzieci). Była to ostatnia publiczna egzekucja w Polsce.
We wszystkich procesach zbrodniarzy obozowych sądzonych było łącznie 72 SS-manów i 6 nadzorczyń, a zatem niewielka część z liczącej około 2000 ludzi załogi SS, która powinna była stanąć przed sądem. Liczbę więźniów ocenia się na około 110–127 tysięcy osób pochodzących z 28 krajów, w tym 49 tysięcy kobiet i dzieci. Najwięcej było wśród nich Żydów i Polaków, ale także więźniów z innych państw – Związku Sowieckiego, Węgier, a nawet z Niemiec.